Dwanaście lat przed wydarzeniami, na których koncentruje się seria, lis demon o dziewięciu ogonach zaatakował wioskę Konoha. Był potężnym demonem, gdyż pojedyncze machnięcie jednego z jego dziewięciu ogonów mogło stworzyć tsunami lub spłaszczyć górę. Spowodowało to chaos i śmierć wielu ludzi, dopóki jeden z czterech Hokage (podczas trwania akcji żyło jeszcze dwóch spośród czterech Hokage, którzy do tamtego czasu zostali mianowani na to zaszczytne stanowisko) – Czwarty Hokage (uważany za najpotężniejszego spośród całej czwórki) – pokonał go, poświęcając swoje własne życie i oddając swoją duszę Bogu Śmierci, aby zapieczętować demona wewnątrz nowo narodzonego dziecka – własnego syna, którym jest Naruto Uzumaki.

Czwarty Hokage był czczony jako bohater za zapieczętowanie Lisiego Demona. Chciał, żeby Naruto był szanowany w podobny sposób za trzymanie demona w sobie. Jednak ludzie z osady, w której mieszkał, unikali go. Uważali go za Lisiego Demona we własnej osobie i źle traktowali przez większość jego dzieciństwa.

Zasada ustanowiona przez Trzeciego Hokage zabroniła mieszkańcom osady opowiadać o tamtym zdarzeniu komukolwiek, nawet własnym dzieciom. Nie przeszkadzało to ludziom traktować Naruto jak wyrzutka. Mimo że dzieci nie wiedziały, dlaczego ich rodzice traktują go w ten sposób, to również nauczyły się pogardzać chłopakiem. Naruto dorastał jako sierota w samotności, bez przyjaciół, rodziny czy uznania. Nie mógł zmusić ludzi, by się z nim zaprzyjaźnili, więc szukał uznania i uwagi w jedyny sposób, jaki znał – przez dowcipy i rozrabianie. Kiedy okazywało się, że jest to tylko dodatkowym powodem do nowych drwin, chłopiec coraz bardziej izolował się. Zmieniło się to, gdy Naruto zrozumiał, że jego nauczyciel Iruka Umino darzy go zaufaniem i akceptacją. By uratować Irukę od śmierci Naruto zastosował wtedy przypadkiem przez siebie poznaną wysokopoziomową technikę Kage Bunshin no Jutsu (Technika Replikacji cienia). W ten sposób zdał końcowy egzamin Akademii, co otworzyło bramę dla zdarzeń i ludzi, którzy mogą zmienić i określić jego świat – wliczając w to ścieżkę ninja – do końca jego życia.

Anime utrzymuje równowagę pomiędzy dramatem, a komedią, dodając do tego mnóstwo akcji. Seria śledzi dojrzewanie i rozwijanie umiejętności Naruto i jego przyjaciół, akcentując ich wzajemne interakcje i wpływ przeszłości na ich osobowości. Naruto odnajduje przyjaciół w Sasuke Uchiha i Sakurze Haruno, dwojgu młodych ninja, którzy razem z nim zostali wybrani, by utworzyć trzyosobową drużynę pod dowództwem bardzo doświadczonego nauczyciela Kakashiego Hatake. Przyjaciółmi Naruto zostanie także dziewiątka innych geninów, których spotka w czasie egzaminu na chūnina. Bohaterowie rozwiną nowe umiejętności, poznają lepiej siebie i innych mieszkańców osady oraz przeżyją długie wyprawy, gdyż Naruto pragnie zostać Hokage Wioski Liścia.

"Naruto" kładzie bardzo silny nacisk na związki przyczynowo-skutkowe. Prawie wszystkie rozwiązania problemów stojących przed bohaterami są wynikiem decyzji, charakteru i osobowości, a bardzo niewiele rzeczy dzieje się przypadkiem. Powraca temat potrzeby akceptacji, która dotyczy każdego, oraz drogiej osoby, której broniąc można stać się silnym. Anime przede wszystkim opowiada o Naruto, Sasuke i Sakurze, którzy są członkami Grupy 7. Pozostałe postacie jednak również zmieniają się i rozwijają, na przykład Kakashi, Gai i Jiraiya, tak jak i rówieśnicy Naruto w innych drużynach geninów i różnych wioskach. Moc Naruto polega w dużym stopniu na zdolności dostrzegania siebie w innych ludziach.

Chociaż w anime pojawia się mnóstwo czarnych charakterów, to niewiele postaci jest złych od początku do końca. Motywy działania wszystkich bohaterów są bardzo dokładnie tłumaczone. Wyjaśniają się powody, które skłoniły ludzi do zejścia z właściwej ścieżki. Jako pierwsi z takich w anime pojawiają się Zabuza Momochi, jōnin z Kirigakure, i jego towarzysz Haku. Najczarniejszym demonem w serii jest Orochimaru. Potężnym wrogiem jest również tajemnicza organizacja zwana Akatsuki, która ściga Naruto, by uwolnić Lisiego Demona i posiąść jego moc.