Tworzą ją shinobi, uważani za najniebezpieczniejszych ninja na świecie. Jej głównym celem jest schwytanie wszystkich bijū (dosł. ogoniastych demonów) i ich późniejsze wykorzystanie dla własnych celów.

Celem Akatsuki jest dominacja nad światem. Aby to osiągnąć Pain opracował plan, składający się z trzech etapów:

1. Zebranie funduszy potrzebnych na utrzymanie organizacji.

2. Złapanie wszystkich bijū.

3. Wykorzystanie zdobytych pieniędzy i utworzenie pierwszej w świecie shinobi „Najemnej Organizacji Wojennej” niezależnej od żadnej z wiosek ninja, która byłaby konkurencyjna względem nich. Oferta kierowana byłaby głównie do mniejszych państw i osad. Początkowo, aby zebrać pieniądze i wyrobić sobie odpowiednią opinie organizacja będzie przyjmować wszystkie zgłoszenia za niewielkie wynagrodzenie. Aby była ona stale niezbędna, większe konflikty będzie wywołać za pomocą kontrolowanych przez siebie bijū. W ten sposób system „wiosek ninja” załamałby się, straciły by one swoje znaczenie, a wraz z nimi państwa, w których się one znajdują, co pozwoliłoby na supremację Akatsuki.

Pain ma także inny plan: zebrać wszystkie bestie i stworzyć z nich ostateczną technikę, którą będzie sprzedawał innym krajom jako broń masowego rażenia. Plan różni się od poprzedniego zamiarem ludobójstwa, aby pozostałą część ludzkości trzymać w strachu. Poprzez spowodowanie bólu, jakiego on sam doświadczył chce wskazać bezsens prowadzonych wojen.

Kiedy Akatsuki uda się schwytać jinchūriki (osobę w której zaklęty jest ogoniasty demon) bądź samego demona, przenosi go do jednej z kryjówek. Miejscem spotkań są przeważnie opuszczone jaskinie. Czasem członkowie Akatsuki przebywają w tym miejscu tylko jako swój cień, podczas gdy w rzeczywistości mogą znajdować się kilkadziesiąt kilometrów dalej.

Ceremonia rozpoczyna się przyzywaniem przez Paina posągu humanoidalnego potwora, dzięki któremu można rozpocząć proces ekstrakcji bestii. Ręce potwora są skute, oczy zawiązane, a podczas pieczętowania demona z jego ust wypada zwój. Na opasce potwora znajduje się dziewięć zamkniętych oczu (osiem oczu w dwóch rzędach po cztery i większe dziewiąte oko w środku), każde z nich przypisane jest jednemu z dziewięciu bijū.

Do pieczętowania członkowie nie muszą być obecni fizycznie, wystarczą ich astralne projekcje, co wpływa na ich bezpieczeństwo, poza tym mogą w tym czasie zajmować się innymi zadaniami. Jest to szczególnie ważne, ponieważ cały proces trwa trzy dni. W celu zabezpieczenia miejsca ekstrakcji stosują oni różne bariery, w tym Barierę Pięciu Pieczęci (jap. 五封結界, Gofū Kekkai?). Sam proces polega na zajęciu przez każdego z członków odpowiednie miejsce na palcu potwora i wspólnym zastosowaniu techniki Fūin Jutsu: Genryū Kyū Fūjin, której przewodzi Pein.

Członkowie organizacji ubierają się w charakterystyczne czarne płaszcze z rysunkiem czerwonych chmur w białej obwódce, oraz z kołnierzem sięgającym do podbródka. Wewnętrzna strona płaszcza ma kolor czerwony. Noszą również wielkie stożkowate kapelusze ze słomy, tzw. sakkat, z małymi dzwoneczkami dzwoniącymi na wietrze. Wszyscy mają pomalowane na fioletowo paznokcie u rąk i nóg oraz noszą na ręce pierścień.

Każdy członek Akatsuki posiada unikatowy pierścień. Każdy nosi go na innym palcu. Klejnoty te są ważne w procesie ekstrakcji Bijuu. Ów rytuał odbywa się w tajnej kryjówce, w której znajduje się ogromny posąg demona z wyciągniętymi przed siebie rękoma (Króla Podziemi). To właśnie na palcach tego posągu członkowie zajmują swoje miejsca podczas rytuału. Miejsce ściśle związane jest z pierścieniem a dokładniej palcem, na którym członek organizacji go nosi.

Większość członków zachowała swoje ochraniacze na czoła z macierzystych wiosek, jednak symbol na nich został przekreślony poziomą rysą na znak zerwanych z wioską więzi. Członkami nie posiadającymi opasek są Konan, Tobi i Zetsu, jednak wiadomo, że Konan pochodzi z Ame, Tobi należy do klanu Uchiha, więc jest powiązany z Konohą, a miejscem pochodzenia Zetsu jest Kusagakure. Pochodzenie Hidana to Yugakure (wioska gorących źródeł)o której jak narazie nie wiadomo wiele.