Kankurō jest silnym geninem specjalizującym się w władaniu lalkami z wioski Suna, starszy brat Gaary. Wraz z nimi przystępuje do egzaminu na chūnina, który jest pretekstem do rozpoczęcia wojny z Konohą.

Podczas walki używa specjalnych marionetek o imionach Karasu i Kuroari. Wraz z rodzeństwem awansuje do trzeciej rundy egzaminu na chūnina, pokonując w eliminacjach Misumi Tsurugiego. W czasie trzeciego etapu, oddaje swoją walkę z Shino Aburame walkowerem, ponieważ nie chciał marnować czakry potrzebnej do zrealizowania planu Suny ataku na Konohę.

Nieudany atak spowodowany walką Sasuke Uchihy z Gaarą powoduje, że muszą oni przed nim uciekać i ochraniać nieprzytomnego Gaarę. Podczas pościgu Kankurō zostaje zatrzymany przez Shino. Walka kończy sie zwycięstwem członka klanu Aburame, Kankurō udaje się jednak przeżyć i wraca z resztą rodzeństwa do wioski.

Wraz z resztą rodzeństwa zostaje wysłany na pomoc ninja z Konohy, pojawia sie w porę, aby uratować Kibę Inuzukę przed członkami Sound Four, Sakonem i Ukonem, których pozbawia życia bez większych problemów. Po zakończeniu misji wraz z resztą drużyny wraca do swojej wioski.

W Naruto Shippūden Kankurō staje się jōninem, oraz właścicielem trzeciej lalki, Sanshōo. Gdy Gaara zostaje Kazekage, ich stosunki ulegają znacznej poprawie, co wynika z dojrzałości Gaary i jego troski o wioskę. Gdy Kazekage zostaje porwany przez członków Akatsuki, Kankurō bez namysłu rusza bratu na ratunek.Nie ma jednak szans z legendarnym lalkarzem Suny, Sasorim i zostaje otruty niezwykle silną trucizną. Przed śmiercią ratuje go interwencja medycznej ninja Sakury Haruno.